塞浦路斯分子医学学院全部7个研究生项目均获得了认证:医学遗传学硕士，分子医学硕士，神经科学硕士，生物医学研究硕士，医学遗传学博士，分子医学博士和神经科学博士。这是所有高等教育机构必须通过的认证程序，由质量保证权威机构进行验证，该机构是由塞浦路斯共和国内阁委员会根据塞浦路斯对于高等教育机构(设立、经营和控制)的相关法律而设立的。

此外,经过一系列流程与评估后,CSMM荣获欧洲委员会授予的伊拉斯谟高等教育机构认证，以支持学生和员工的流动。通过鼓励大学之间的跨国合作,致力于提高各校间的透明度和学历相互认证，增加在欧盟和更大范围内的学术成果交流来提升高等教育质量。

最后，除了欧盟之外，塞浦路斯分子医学学院还获得了非欧盟国家的认证。具体来说，通过评估程序，CSMM研究生项目也获得了阿曼苏丹国、约旦哈希姆王国和中华人民共和国教育部的认可（可访问中国教育部涉外监管信息网）